Общеизвестно, что основным документом, который является основанием для признания величины расхода по НДС перед представителями налоговых органов, считаются именно счета-фактуры. Это правило закреплено письмом Минфина РФ (речь идет о письме №03-11-04/2/47 от 24.09.2008), однако, Налоговый Кодекс никаких положений об этом не содержит. Именно поэтому, в случае, если счета-фактуры заполнены неверно или попросту отсутствуют, их все равно предъявляют.

Учитывая, что НК РФ содержит требование о наличии счетов-фактур, тогда, когда организация предъявляет НДС к вычету, вполне допустимо выделение суммы налога в «первичке». Указанное положение содержится в п.1 ст.169 НК РФ и большинство судов (прежде всего Московского и Северо-западного округов) руководствуются этим правилом, при принятии решений.

Еще один интересный момент: п.2 ст.169 НК РФ указывает на то, что те счета-фактуры, которые были выставлены или составлены с несоблюдением требований, регламентированных п.5 и п.6 вышеобозначенной статьи, не должны приниматься организацией-продавцом в качестве основания к возмещению или же вычету НДС. Например, в той же 169 статье Налогового Кодекса, указаны реквизиты таких документов, как счета-фактуры, а именно: наименование, идентификационные номера плательщика и покупателя и их адреса. Налоговая юридическая консультация приводит примеры практики, где, несмотря на это, арбитражные суды при рассмотрении ряда дел узрели недоказанность налоговиками того факта, что несоблюдение установленного порядка заполнения документов воспрепятствовало установлению достоверности и величины расходов, которые понесла организация-налогоплательщик. Как следствие, доводы налоговиков были отклонены, а суммы и сам факт уплаты в бюджет НДС был признан судом.