Наша организация работала с фирмой, которая, как выяснилось позже, присылала нам документы для вычет...

Здравствуйте. Практика показывает, что вы вполне можете понести ответственность, поскольку незнание не освождает от ответственности. Всеми возможными способами вы должны были проверять контрангентов, с которыми работаете. Рекомендуем получить консультацию адвоката по налогам перед тем, как вступать в какие-либо контакты с проверяющими органами.